学校的前身是1906年清政府创立于南京的暨南学堂。后迁至上海,1927年更名为国立暨南大学。抗日战争期间,迁址福建建阳。1946年迁回上海,1949年8月合并于复旦大学、交通大学等高校。新中国成立后,暨南大学于1958年在广州重建,“文革”期间一度停办,1978年在广州复办。改革开放后,学校快速发展。1996年6月,暨南大学成为全国面向21世纪重点建设的大学。2011年4月,国务院侨办、教育部、广东省政府签署共建暨南大学协议。2015年6月,学校入选广东省高水平大学重点建设高校。2017年9月,学校入选国家“双一流”建设高校